Acerca de este Curso
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100 % en línea

Comienza de inmediato y aprende a tu propio ritmo.

Fechas límite flexibles

Restablece las fechas límite en función de tus horarios.

Aprox. 19 horas para completar

Sugerido: 3 weeks of study, 1-3 hours/week...

Inglés (English)

Subtítulos: Inglés (English)
User
Los estudiantes que toman este Course son
  • Biologists
  • Scientists
  • Researchers
  • Pharmacists
  • Medical Doctors
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Programa - Qué aprenderás en este curso

Semana
1
3 horas para completar

From sampling to sequencing

10 videos (Total 112 minutos), 13 lecturas, 2 cuestionarios
10 videos
Introduction to metagenomics10m
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects10m
Introduction to antimicrobial resistance11m
Sampling for surveillance18m
Sampling at farms and slaughterhouses14m
Sample storage2m
Isolation of DNA from complex samples10m
Sample processing for viral metagenomics7m
Sequencing platforms12m
13 lecturas
Glossary20m
Get started !5m
Introduction to metagenomics2m
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects2m
Introduction to antimicrobial resistance2m
Sampling for surveillance5m
Sampling at farms and slaughterhouses2m
Sample storage2m
Isolation of DNA from complex samples2m
Notes on library preparation5m
Sequencing platforms10m
Assessment case-study - part 15m
Assessment case study - part 22m
2 ejercicios de práctica
Module 1 assessment - part 18m
Module 1 assessment - part 212m
Semana
2
3 horas para completar

FROM READS TO RESULTS

6 videos (Total 64 minutos), 11 lecturas, 1 cuestionario
6 videos
Overview of available metagenomic analysis tools7m
MGmapper13m
ResFinder database5m
Demo of metagenomic classification using KRAKEN16m
Real example of metagenomic analysis - lessons learned14m
11 lecturas
General introduction to bioinformatics analysis of metagenomics data5m
Overview of available metagenomic analysis tools10m
MGmapper10m
MGmapper - Best mode vs Full mode10m
ResFinder database3m
Assessment case-study - part 310m
Samples sheet10m
Report A - FastQC results10m
Report B - MGmapper results10m
Report C - KRAKEN results10m
Report D10m
1 ejercicio de práctica
Module 2 assessment24m
Semana
3
8 horas para completar

Interpretation of results and potential of metagenomics for surveillance

6 videos (Total 81 minutos), 16 lecturas, 6 cuestionarios
6 videos
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads15m
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 1)10m
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 2)16m
Application of metagenomics in surveillance - opportunities and challenges21m
Farewell3m
16 lecturas
Virtual Machine setup1h
Analysis and visualization of read count data10m
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads10m
Application of metagenomics in surveillance - methods10m
Potential of metagenomics for surveillance10m
Challenges of metagenomics for surveillance10m
Assessment case-study - part 45m
Report D10m
Epidemiology sheet and Report E10m
Introduction5m
Final quiz - section I - Sampling10m
Final quiz - section II - Quality control30m
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30m
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results10m
Final quiz - section V - Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context10m
Extra material for final assessment10m
6 ejercicios de práctica
Module 3 assessment10m
Final quiz - section I - Sampling18m
Final quiz - section II - Quality control30m
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30m
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results30m
Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context30m
4.7
13 revisionesChevron Right

67%

comenzó una nueva carrera después de completar estos cursos

60%

consiguió un beneficio tangible en su carrera profesional gracias a este curso

25%

consiguió un aumento de sueldo o ascenso

Principales revisiones sobre Metagenomics applied to surveillance of pathogens and antimicrobial resistance

por MDMay 31st 2019

I learned a lot, they covered complex analysis topics in a clear, understandable way. I would recommend this course to anyone interested in microbial metagenomic analysis.

Instructores

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Ana Sofia Ribeiro Duarte

Assistant Professor
National Food Institute
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Sünje Johanna Pamp

Associate Professor
Research Group for Genomic Epidemiology, Technical University of Denmark
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Liese Van Gompel

PhD Candidate Epidemiology
Utrecht University, Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS)
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Pimlapas Leekitcharoenphon

PostDoc
Research Group for Genomic Epidemiology, DTU Food

Acerca de Universidad Técnica de Dinamarca (DTU)

DTU focuses on research in technical and natural sciences that contributes to the development of society. As an industrially orientated university, our goal is to supply high-level international research based on combining theory with constructing models and empirical methods....

Preguntas Frecuentes

  • Una vez que te inscribes para obtener un Certificado, tendrás acceso a todos los videos, cuestionarios y tareas de programación (si corresponde). Las tareas calificadas por compañeros solo pueden enviarse y revisarse una vez que haya comenzado tu sesión. Si eliges explorar el curso sin comprarlo, es posible que no puedas acceder a determinadas tareas.

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