Hierarchical Clustering using Euclidean Distance

ofrecido por
En este proyecto guiado, tú:

Understand the importance and usage of the hierarchical clustering using skew profiles.

Locate and process the viral cDNA genome files to calculate the skew profiles.

Understand the theory for using the Pythagorean equation to calculate the Euclidean distance. And apply that using python to build a linkage matrix.

Understand how errors occur, how to avoid them, and resolve their sources.

About 75 minutes required for the project and 45 for the other materials (reading and assignment).
Intermedio
No se necesita descarga
Video de pantalla dividida
Inglés (English)
Solo escritorio

By the end of this project, you will create a Python program using a jupyter interface that analyzes a group of viruses and plot a dendrogram based on similarities among them. The dendrogram that you will create will depend on the cumulative skew profile, which in turn depends on the nucleotide composition. You will use complete genome sequences for many viruses including, Corona, SARS, HIV, Zika, Dengue, enterovirus, and West Nile viruses.

Habilidades que desarrollarás

  • Python Programming

  • Genomics

  • plotting

Aprende paso a paso

En un video que se reproduce en una pantalla dividida con tu área de trabajo, tu instructor te guiará en cada paso:

  1. Task 1: Getting Started with Hierarchical Clustering

  2. Task 2: Locate and Process The Data Files

  3. Task 3: Understand The Result Dataset

  4. Task 4: Hierarchical Clustering - Metric

  5. Task 5: Hierarchical Clustering - Ordering & Methods

  6. Task 6: Dendrogram Plotting

  7. Task 7: Dendrogram - Analysis

  8. Task 8: Errors to Avoid

Cómo funcionan los proyectos guiados

Tu espacio de trabajo es un escritorio virtual directamente en tu navegador, no requiere descarga.

En un video de pantalla dividida, tu instructor te guía paso a paso

Preguntas Frecuentes

Al comprar un proyecto guiado, obtendrás todo lo que necesitas para completarlo, incluido el acceso a un espacio de trabajo de escritorio en la nube a través de tu navegador web que contiene los archivos y el software que necesitas para comenzar, además de instrucciones de video paso a paso de un experto en la materia.

Dado que tu espacio de trabajo contiene un escritorio en la nube del tamaño de una computadora portátil o computadora de escritorio, los proyectos guiados no están disponibles en tu dispositivo móvil.

Los instructores de proyectos guiados son expertos en la materia que tienen experiencia en habilidades, herramientas o dominios de su proyecto y les apasiona compartir sus conocimientos para impactar a millones de estudiantes en todo el mundo.

Puedes descargar y conservar cualquiera de tus archivos creados del proyecto guiado. Para hacerlo, puedes usar la función 'Explorador de archivos' mientras accedes a tu escritorio en la nube.

Los proyectos guiados no son elegibles para reembolsos. Ver nuestra política de reembolso completo.

La ayuda financiera no está disponible para proyectos guiados.

El acceso como oyente no está disponible para los proyectos guiados.

En la parte superior de la página, puedes presionar en el nivel de experiencia de este proyecto guiado para ver los requisitos de conocimientos previos. En cada nivel del proyecto guiado, tu instructor te orientará paso a paso.

Sí, todo lo que necesitas para completar tu proyecto guiado estará disponible en un escritorio en la nube que estará disponible en tu navegador.

Aprenderás completando tareas en un entorno de pantalla dividida directamente en tu navegador. En el lado izquierdo de la pantalla, completarás la tarea en tu espacio de trabajo. En el lado derecho de la pantalla, verás a un instructor guiarte a través del proyecto, paso a paso.

¿Tienes más preguntas? Visita el Centro de Ayuda al Alumno.