A Geometrical Approach to Genome Analysis: Skew & Z-Curve

ofrecido por
Coursera Project Network
En este proyecto guiado, tú:

Analyze complete genome using a geometrical method

Plot 2D- and 3D graphs in Python

Calculate, plot, and save complete genome profile

ClockAbout 60 minutes required for the project and 60 for the other materials (reading and assignment).
IntermediateIntermedio
CloudNo se necesita descarga
VideoVideo de pantalla dividida
Comment DotsInglés (English)
LaptopSolo escritorio

In this 1-hour long project-based course, you will learn how to analyze a complete viral genome using geometrical methods (skews and Z-curve), 2D- and 3D-plotting in Python, and how to use some important Python libraries (like Tkinter, Matplotlib, and NumPy) helping you accomplish this. You will also learn about the genomes of some viruses including, Corona, SARS, HIV, Zika, Nidovirous, and rubella viruses.

Habilidades que desarrollarás

  • 3D
  • Personal Genomics
  • Python Programming
  • plotting
  • 2D

Aprende paso a paso

En un video que se reproduce en una pantalla dividida con tu área de trabajo, tu instructor te guiará en cada paso:

  1. Task 1: Getting Started with Geometrical Genome Analysis.

  2. Task 2: Skew and Z-Curve definitions

  3. Task 3: Locate the Data Files

  4. Task 4: Genome cDNA to Orginal Viral RNA

  5. Task 5: Skews and Z-Curve calculations

  6. Task 6: 2D Plotting (Skews part 1 of 2)

  7. Task 7: 2D Plotting (Skews part 2 of 2)

  8. Task 8: Z-Curve 2D and 3D plotting

  9. Task 9: Export results as PDF files.

Cómo funcionan los proyectos guiados

Tu espacio de trabajo es un escritorio virtual directamente en tu navegador, no requiere descarga.

En un video de pantalla dividida, tu instructor te guía paso a paso

Preguntas Frecuentes

Preguntas Frecuentes

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