4.7
estrellas
117 calificaciones

Rebecca Wattam

10.353 ya inscrito

Ofrecido Por

Bacterial Bioinformatics

Universidad de Virginia

Acerca de este Curso

12.414 vistas recientes

This course provides demonstrations and exercises for performing common genomics-based analysis tasks of bacterial sequence data.  It uses PATRIC, the PathoSystems Resource Integration Center, as the platform for analysis. PATRIC is the NIH/NIAID-funded bacterial Bioinformatics Resource Center, providing comprehensive bacterial genomic data with integrated analysis tools and visualizations. PATRIC also provides a private workspace where users can upload and analyze their own data. 
Course participants will gain skills needed to do comparative analysis of bacterial genomes, starting with raw sequence data.The lessons in the first module cover genome assembly, annotation, phylogenetic tree construction, and protein family / proteome comparisons. Each lesson builds on the previous, creating a complete baseline analysis workflow.

Fechas límite flexibles

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100 % en línea

Comienza de inmediato y aprende a tu propio ritmo.

Nivel intermedio

This class is geared towards biologists, bacteriologists, and bioinformaticians with a basic knowledge of comparative genomics.

Aprox. 13 horas para completar

Inglés (English)

¿Podría tu empresa beneficiarse de la capacitación de los empleados en las habilidades más demandadas?

Prueba Coursera para negocios

Qué aprenderás

Learn how to assemble a bacterial genome
Learn how to annotate a bacterial genome
Learn how to generate a phylogenetic tree from a set of bacterial genomes
Learn how to perform basic comparative analyses of a set of bacterial genomes

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Instructor

Calificación del instructor

4,75/5 (49 calificaciones)

Rebecca Wattam

Professor

Biocomplexity Institute and Initiative

10.353 alumnos

1 curso

Ofrecido por

Universidad de Virginia

A premier institution of higher education, The University of Virginia offers outstanding academics, world-class faculty, and an inspiring, supportive environment. Founded by Thomas Jefferson in 1819, the University is guided by his vision of discovery, innovation, and development of the full potential of students from all walks of life. Through these courses, global learners have an opportunity to study with renowned scholars and thought leaders.

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Programa - Qué aprenderás en este curso

Semana1

Semana 1

1 hora para completar

Introduction

This lesson provides an introduction to PATRIC, the PathoSystems Resource Integration Center, a Bioinformatics Resource Center dedicated to supporting bacterial research. PATRIC provides comprehensive bacterial genomic data with integrated analysis tools and visualizations. PATRIC also provides a private workspace where users can upload and analyze their own data. PATRIC will serve as the platform for the analysis methods covered in this module.

1 hora para completar

7 videos (Total 42 minutos)

Semana2

Semana 2

1 hora para completar

Assembly

1 hora para completar

7 videos (Total 49 minutos)

Semana3

Semana 3

2 horas para completar

Annotation

2 horas para completar

7 videos (Total 77 minutos)

Semana4

Semana 4

2 horas para completar

Comprehensive Genome Analysis

2 horas para completar

10 videos (Total 101 minutos)

Semana5

Semana 5

2 horas para completar

Codon-Based Phyogenetic Trees

2 horas para completar

9 videos (Total 107 minutos)

9 videos

Introduction to codon trees2mCreating genome groups for building codon trees16mSubmitting the tree-building job11mReviewing the codon tree report11mAccessing codon tree files in the jobs folder10mRemoving problem genomes from groups 17mUsing the Protein Family Sorter to improve the tree16mViewing the tree in FigTree8m Finding help and citing PATRIC11m

1 ejercicio de práctica

Review of codon trees30m

Semana6

Semana 6

1 hora para completar

Similar Genome Finder

1 hora para completar

4 videos (Total 25 minutos)

Semana7

Semana 7

2 horas para completar

Protein Family Sorter

2 horas para completar

13 videos (Total 99 minutos)

13 videos

Introduction to Protein Family Sorter4mUsing Global Search7mCreating a genome group5mSubmitting a Protein Family Sorter Service analysis job6mProtein Family Sorter tabular results7mFiltering tabular results8mHeatmap filtering5mHeatmap clustering5mAnchoring and downloading heatmap data8mUsing the Feature Table and Compare Region Viewer14mDownloading sequences from Feature Table and viewing in the Genome Browser11mBLASTing a genomic region10mProtein Family Sorter summary2m

1 ejercicio de práctica

Review of Protein Family Sorter30m

Semana8

Semana 8

2 horas para completar

Proteome Comparison

2 horas para completar

11 videos (Total 74 minutos)

11 videos

Introduction to Proteome Comparison4mSelecting parameters8mSelecting a reference genome3mUsing a feature group or FASTA file as input6mUsing a feature group as the reference2mUsing a FASTA file as the reference4mSelecting the genomes to use for the comparison3m3 flavors of reference genomes5mReviewing the output job results21mCiting PATRIC and getting help5mSummary of analysis of two assembly strategies8m

1 ejercicio de práctica

Review of Proteome Comparison30m

Reseñas

4.7

26 reseña

5 stars
77,77 %
4 stars
15,38 %
3 stars
5,12 %
1 star
1,70 %

Principales reseñas sobre BACTERIAL BIOINFORMATICS

por YS27 de oct. de 2022

Very informative course content and I have learned a lot

por NG14 de feb. de 2022

it was very informative course and i enjoyed doing home works and assessments.

thank you

Regards

Neeraja

por DR28 de abr. de 2022

It was great learning course. I learned so many new things from course

por GT4 de feb. de 2022

i appreciate the dedication and design of the course. it so practical and friendly. thank You Dr. Rebecca.

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Preguntas Frecuentes

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El acceso a las clases y las asignaciones depende del tipo de inscripción que tengas. Si tomas un curso en modo de oyente, verás la mayoría de los materiales del curso en forma gratuita. Para acceder a asignaciones calificadas y obtener un certificado, deberás comprar la experiencia de Certificado, ya sea durante o después de participar como oyente. Si no ves la opción de oyente:
es posible que el curso no ofrezca la opción de participar como oyente. En cambio, puedes intentar con una Prueba gratis o postularte para recibir ayuda económica.
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