Acerca de este Curso
4.0
145 calificaciones
33 revisiones
Programa Especializado
100 % en línea

100 % en línea

Comienza de inmediato y aprende a tu propio ritmo.
Fechas límite flexibles

Fechas límite flexibles

Restablece las fechas límite en función de tus horarios.
Horas para completar

Aprox. 16 horas para completar

Sugerido: 6 hours/week...
Idiomas disponibles

Inglés (English)

Subtítulos: Inglés (English)...

Habilidades que obtendrás

BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
Programa Especializado
100 % en línea

100 % en línea

Comienza de inmediato y aprende a tu propio ritmo.
Fechas límite flexibles

Fechas límite flexibles

Restablece las fechas límite en función de tus horarios.
Horas para completar

Aprox. 16 horas para completar

Sugerido: 6 hours/week...
Idiomas disponibles

Inglés (English)

Subtítulos: Inglés (English)...

Programa - Qué aprenderás en este curso

Semana
1
Horas para completar
3 horas para completar

Week One

The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses....
Reading
16 videos (Total: 126 min), 3 readings, 1 quiz
Video16 videos
Installing R on A Mac 2m
Installing R Studio on a Mac 1m
What is Bioconductor7m
Installing Bioconductor3m
The Bioconductor Website9m
Useful Online Resources5m
R Base Types18m
GRanges - Overview4m
IRanges - Basic Usage12m
GenomicRanges - GRanges8m
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8m
GenomicRanges - seqinfo6m
AnnotationHub8m
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112m
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213m
Reading3 lecturas
Welcome10m
Syllabus10m
Pre Course Survey10m
Quiz1 ejercicio de práctica
Quiz 120m
Semana
2
Horas para completar
2 horas para completar

Week Two

In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads....
Reading
8 videos (Total: 81 min), 1 quiz
Video8 videos
BSgenome6m
Biostrings - Matching6m
BSgenome - Views9m
GenomicRanges - Rle12m
GenomicRanges - Lists6m
GenomicFeatures18m
rtracklayer - Data Import14m
Quiz1 ejercicio de práctica
Quiz 220m
Semana
3
Horas para completar
2 horas para completar

Week Three

In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4....
Reading
9 videos (Total: 79 min), 1 quiz
Video9 videos
Annotation Overview4m
ExpressionSet Overview4m
ExpressionSet9m
SummarizedExperiment7m
GEOquery6m
biomaRt13m
R S4 Classes16m
R S4 Methods10m
Quiz1 ejercicio de práctica
Quiz 320m
Semana
4
Horas para completar
2 horas para completar

Week Four

In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi...
Reading
7 videos (Total: 81 min), 1 reading, 1 quiz
Video7 videos
Short Read4m
Rsamtools12m
oligo14m
limma16m
minfi11m
Count-based RNA-seq analysis15m
Reading1 lectura
Post Course Survey10m
Quiz1 ejercicio de práctica
Quiz 420m
4.0
33 revisionesChevron Right

Principales revisiones

por MAMar 12th 2016

Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.

por ABApr 12th 2018

Amazing course, motivated me to use bio conductor for descriptive seq studies of DNA.

Instructor

Avatar

Kasper Daniel Hansen, PhD

Assistant Professor, Biostatistics and Genetic Medicine
Bloomberg School of Public Health

Acerca de Johns Hopkins University

The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world....

Acerca del programa especializado Genomic Data Science

This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics. To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit....
Genomic Data Science

Preguntas Frecuentes

  • Una vez que te inscribes para obtener un Certificado, tendrás acceso a todos los videos, cuestionarios y tareas de programación (si corresponde). Las tareas calificadas por compañeros solo pueden enviarse y revisarse una vez que haya comenzado tu sesión. Si eliges explorar el curso sin comprarlo, es posible que no puedas acceder a determinadas tareas.

  • Cuando te inscribes en un curso, obtienes acceso a todos los cursos que forman parte del Programa especializado y te darán un Certificado cuando completes el trabajo. Se añadirá tu Certificado electrónico a la página Logros. Desde allí, puedes imprimir tu Certificado o añadirlo a tu perfil de LinkedIn. Si solo quieres leer y visualizar el contenido del curso, puedes auditar el curso sin costo.

¿Tienes más preguntas? Visita el Centro de Ayuda al Alumno.