Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
ofrecido por
Programa Especializado - Genomic Data ScienceUniversidad Johns HopkinsAcerca de este Curso
29,157 vistas recientes
Resultados profesionales del estudiante
50%
comenzó una nueva carrera después de completar estos cursos
43%
consiguió un beneficio tangible en su carrera profesional gracias a este curso
20%
consiguió un aumento de sueldo o ascenso
Certificado para compartir
Obtén un certificado al finalizar
100 % en línea
Comienza de inmediato y aprende a tu propio ritmo.
Curso 5 de 8 en
Fechas límite flexibles
Restablece las fechas límite en función de tus horarios.
Aprox. 12 horas para completar
Inglés (English)
Subtítulos: Francés (French), Portugués (de Brasil), Ruso (Russian), Inglés (English), Español (Spanish)
Habilidades que obtendrás
BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface
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Inglés (English)
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ofrecido por
Universidad Johns Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Programa - Qué aprenderás en este curso
4 horas para completar
Basic Unix Commands
In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science
4 horas para completar
12 videos (Total 105 minutos), 5 lecturas, 2 cuestionarios
12 videos
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7m
Basic Unix Commands 3: File Naming4m
Basic Unix Commands 4: Content Creation9m
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6m
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4m
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6m
Basic Unix Commands 8: Querying Content15m
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11m
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13m
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13m
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9m
5 lecturas
Welcome Message10m
Syllabus10m
VMBox Download & Instructions10m
Pre-Course Survey10m
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
2 ejercicios de práctica
Module 1 Quiz30m
Module 1 Exam30m
3 horas para completar
Week Two
In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations.
3 horas para completar
11 videos (Total 127 minutos), 1 lectura, 2 cuestionarios
11 videos
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11m
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14m
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13m
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9m
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12m
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5m
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11m
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9m
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15m
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15m
1 lectura
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
2 ejercicios de práctica
Module 2 Quiz30m
Module 2 Exam30m
2 horas para completar
Week Three
In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations.
2 horas para completar
8 videos (Total 55 minutos), 1 lectura, 2 cuestionarios
8 videos
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5m
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11m
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9m
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4m
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6m
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8m
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5m
1 lectura
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
2 ejercicios de práctica
Module 3 Quiz30m
Module 3 Exam30m
3 horas para completar
Week Four
In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations.
3 horas para completar
8 videos (Total 75 minutos), 2 lecturas, 2 cuestionarios
8 videos
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7m
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9m
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8m
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10m
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16m
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8m
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6m
2 lecturas
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
Post-Course Survey10m
2 ejercicios de práctica
Module 4 Quiz30m
Module 4 Exam30m
Reseñas
Principales reseñas sobre COMMAND LINE TOOLS FOR GENOMIC DATA SCIENCE
por CW5 de ago. de 2020
There were some typos and confusion about the need not to follow the example code for Exam 4. However, I thought that the course was good and useful overall.\n\nThank You!
por SC17 de oct. de 2016
Th lecturer could be a little more engaging and the materials used during classes, if made available would help following it better, by replicating the examples being shown.
por LS23 de abr. de 2020
Some explanations are4 not completely clear. A good summary of what every tools does and of which rools should be used to tackle which situation would really beneficial
por AD26 de ago. de 2018
Very informative course. Only downside is that the example datasets/scripts are not provided (which I tend to find to be useful for learning informatics).
Acerca de Programa especializado: Genomic Data Science
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
Preguntas Frecuentes
¿Cuándo podré acceder a las lecciones y tareas?
El acceso a las clases y las asignaciones depende del tipo de inscripción que tengas. Si tomas un curso en modo de oyente, verás la mayoría de los materiales del curso en forma gratuita. Para acceder a asignaciones calificadas y obtener un certificado, deberás comprar la experiencia de Certificado, ya sea durante o después de participar como oyente. Si no ves la opción de oyente:
- es posible que el curso no ofrezca la opción de participar como oyente. En cambio, puedes intentar con una Prueba gratis o postularte para recibir ayuda económica.
- Es posible que el curso ofrezca la opción 'Curso completo, sin certificado'. Esta opción te permite ver todos los materiales del curso, enviar las evaluaciones requeridas y obtener una calificación final. También significa que no podrás comprar una experiencia de Certificado.
¿Qué recibiré si me suscribo a este Programa especializado?
Cuando te inscribes en un curso, obtienes acceso a todos los cursos que forman parte del Programa especializado y te darán un Certificado cuando completes el trabajo. Se añadirá tu Certificado electrónico a la página Logros. Desde allí, puedes imprimir tu Certificado o añadirlo a tu perfil de LinkedIn. Si solo quieres leer y visualizar el contenido del curso, puedes auditar el curso sin costo.
Is financial aid available?
Sí, Coursera ofrece ayuda económica a los estudiantes que no pueden pagar la tarifa. Solicítala haciendo clic en el enlace de Ayuda económica que está debajo del botón “Inscribirse” a la izquierda. Se te pedirá que completes una solicitud. Recibirás una notificación en caso de que se apruebe. Deberás completar este paso para cada uno de los cursos que forman parte del Programa especializado, incluido el proyecto final. Obtén más información.
¿Recibiré crédito universitario por completar el Curso?
Este Curso no otorga crédito universitario, pero algunas universidades pueden aceptar los Certificados del curso para obtener crédito. Consulta con tu institución para obtener más información. Los Títulos en línea y los Certificados Mastertrack™ de Coursera brindan la oportunidad de obtener créditos universitarios.
¿Tienes más preguntas? Visita el Centro de Ayuda al Alumno.
