Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
Este curso forma parte de Programa Especializado - Genomic Data Science
ofrecido por
Programa Especializado - Genomic Data ScienceUniversidad Johns HopkinsAcerca de este Curso
35,798 vistas recientes
Resultados profesionales del estudiante
50%
comenzó una nueva carrera después de completar estos cursos
43%
consiguió un beneficio tangible en su carrera profesional gracias a este curso
20%
consiguió un aumento de sueldo o ascenso
Certificado para compartir
Obtén un certificado al finalizar
100 % en línea
Comienza de inmediato y aprende a tu propio ritmo.
Curso 5 de 8 en
Fechas límite flexibles
Restablece las fechas límite en función de tus horarios.
Aprox. 12 horas para completar
Inglés (English)
Subtítulos: Inglés (English)
Habilidades que obtendrás
BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface
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Inglés (English)
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ofrecido por
Universidad Johns Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Programa - Qué aprenderás en este curso
3 horas para completar
Basic Unix Commands
In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science
3 horas para completar
12 videos (Total 105 minutos), 5 lecturas, 2 cuestionarios
12 videos
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7m
Basic Unix Commands 3: File Naming4m
Basic Unix Commands 4: Content Creation9m
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6m
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4m
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6m
Basic Unix Commands 8: Querying Content15m
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11m
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13m
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13m
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9m
5 lecturas
Welcome Message10m
Syllabus10m
VMBox Download & Instructions10m
Pre-Course Survey10m
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
2 ejercicios de práctica
Module 1 Quiz20m
Module 1 Exam34m
3 horas para completar
Week Two
In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations.
3 horas para completar
11 videos (Total 127 minutos), 1 lectura, 2 cuestionarios
11 videos
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11m
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14m
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13m
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9m
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12m
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5m
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11m
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9m
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15m
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15m
1 lectura
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
2 ejercicios de práctica
Module 2 Quiz20m
Module 2 Exam40m
2 horas para completar
Week Three
In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations.
2 horas para completar
8 videos (Total 55 minutos), 1 lectura, 2 cuestionarios
8 videos
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5m
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11m
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9m
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4m
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6m
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8m
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5m
1 lectura
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
2 ejercicios de práctica
Module 3 Quiz20m
Module 3 Exam48m
3 horas para completar
Week Four
In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations.
3 horas para completar
8 videos (Total 75 minutos), 2 lecturas, 2 cuestionarios
8 videos
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7m
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9m
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8m
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10m
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16m
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8m
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6m
2 lecturas
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10m
Post-Course Survey10m
2 ejercicios de práctica
Module 4 Quiz20m
Module 4 Exam1h 10m
Revisiones
Principales revisiones sobre COMMAND LINE TOOLS FOR GENOMIC DATA SCIENCE
por SC17 de oct. de 2016
Th lecturer could be a little more engaging and the materials used during classes, if made available would help following it better, by replicating the examples being shown.
por LS23 de abr. de 2020
Some explanations are4 not completely clear. A good summary of what every tools does and of which rools should be used to tackle which situation would really beneficial
por AD26 de ago. de 2018
Very informative course. Only downside is that the example datasets/scripts are not provided (which I tend to find to be useful for learning informatics).
por JJ22 de jun. de 2018
Thank you very much Dr./Professor, Liliana Florea. I've learned a lot. It's a very good opportunity to improve my knowledge. This means a lot to me.
Acerca de Programa especializado: Genomic Data Science
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy.
This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work.
To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit. Please note that you will not receive a Certificate of Completion if you choose to Audit.
Preguntas Frecuentes
¿Cuándo podré acceder a las lecciones y tareas?
Access to lectures and assignments depends on your type of enrollment. If you take a course in audit mode, you will be able to see most course materials for free. To access graded assignments and to earn a Certificate, you will need to purchase the Certificate experience, during or after your audit. If you don't see the audit option:
- The course may not offer an audit option. You can try a Free Trial instead, or apply for Financial Aid.
- The course may offer 'Full Course, No Certificate' instead. This option lets you see all course materials, submit required assessments, and get a final grade. This also means that you will not be able to purchase a Certificate experience.
¿Qué recibiré si me suscribo a este Programa especializado?
Cuando te inscribes en un curso, obtienes acceso a todos los cursos que forman parte del Programa especializado y te darán un Certificado cuando completes el trabajo. Se añadirá tu Certificado electrónico a la página Logros. Desde allí, puedes imprimir tu Certificado o añadirlo a tu perfil de LinkedIn. Si solo quieres leer y visualizar el contenido del curso, puedes auditar el curso sin costo.
¿Cuál es la política de reembolsos?
Si estás suscrito, obtienes una prueba gratis de 7 días, que podrás cancelar cuando desees sin ningún tipo de penalidad. Una vez transcurrido ese tiempo, no realizamos reembolsos. No obstante, puedes cancelar tu suscripción cuando quieras. Consulta nuestra política completa de reembolsos.
¿Hay ayuda económica disponible?
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¿Recibiré crédito universitario por completar el Curso?
Este Curso no otorga crédito universitario, pero algunas universidades pueden aceptar los Certificados del curso para obtener crédito. Consulta con tu institución para obtener más información. Los Títulos en línea y los Certificados Mastertrack™ de Coursera brindan la oportunidad de obtener créditos universitarios.
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